Microarray Meta-Analysis Tool Инструмент метаанализа микрочипов представляет собой приложение на основе Java. Используя его графический интерфейс, вы можете выбирать биологические эксперименты из своих наборов данных, изучать данные на уровне зондов и генерировать данные метаанализа и тепловой карты. Инструмент метаанализа микрочипов включает в себя: Набор R-подобных сценариев оболочки для расчета средней интенсивности зонда. R-подобное приложение для просмотра и редактирования набора данных. Расчет интенсивности уровня зонда R-подобный скриптовый инструмент, помогающий создавать цифры, полезные для метаанализа. Набор примеров биологических тематических исследований Экспорт ваших экспериментов в виде плоского файла Наборы данных и информация на уровне датчиков Оптимизированный формат файла набора данных Гибкий формат файла данных Технические характеристики инструмента метаанализа микрочипов Пакет: Инструмент метаанализа микрочипов Подпакет: Инструмент метаанализа микрочипов Автор: Педро Пелегиньо. Лаборатория биоинформатики, факультет биологии, Летбриджский университет, Канада. Педро Пелегиньо, доктор философии Лицензия: GPL Особенности: Берет файл в формате с разделителями табуляцией, информацией на уровне набора данных и информацией на уровне зондов. Автоматически повторно интерпретирует и вычисляет интенсивность на уровне зонда Преобразует файл с информацией об интенсивности на уровне зонда в формат значений, разделенных запятыми (CSV). Этот инструмент включает в себя набор из двух полностью настраиваемых R-подобных инструментов, которые запускают определенный набор команд (функций) R, как если бы они выполнялись в обычной среде R. Прямой доступ к вычислительной статистике и индексам Статистические индексы — это предварительно рассчитанная информация для ваших данных, которая позволяет вам быстрее анализировать ваши данные. Просмотр тепловой карты Тепловые карты — это способ визуализации и выделения генов, уровни экспрессии которых различаются в разных условиях. Встроенные примеры данных: создавайте на лету, чтобы продемонстрировать возможности инструмента Примеры путей включают файлы инструментов метаанализа микрочипов Этот инструмент был протестирован на Windows, Linux, Mac OS и Solaris. Исходный код: Метаанализ микрочипов Инструмент метаанализа микрочипов — это приложение на основе Java, предназначенное для помощи в анализе данных микрочипов и включающее в себя унифицированную процедуру импорта данных, мощный механизм метаанализа, который может включать различные статистические методы, и полную методологию для проведения метаанализа. анализ. После импорта необработанных данных инструмент метаанализа Microarray: (i) сгруппирует образцы, объединит технические повторы и выведет результирующее нормализованное значение выражения; (ii) удалить фоновый шум и идентифицировать дифференциально выраженные гены; (iii) обнаруживать гены со значительными систематическими вариациями и различать различные биологические условия; (iv) определить соответствующие биологические пути и клеточные процессы; (v) построить сети коэкспрессии генов и сравнить их в разных условиях; (vi) вывести количество значимых генов, количество реплицированных генов и коэффициент воспроизводимости. Обширные процедуры контроля качества, нормализации и фильтрации, включенные в инструмент метаанализа микрочипов, предназначены для значительного снижения уровня шума, чтобы повысить вашу уверенность в том, что обнаруженные вами гены действительно значительно различаются в зависимости от условий. Кроме того, оценивая распределение экспрессии генов в разных условиях, вы можете обнаружить систематические изменения экспрессии генов в образцах и определить проблемные эксперименты в наборах данных. Кроме того, инструмент Microarray Meta-Analysis Tool может предоставить вам графический вывод или подробный табличный вывод результатов. После того, как вы закончите анализ, инструмент метаанализа Microarray может предоставить вам информацию обо всех дифференциально экспрессируемых генах, включая любые гены, которые могут быть у вас, но которые не соответствуют вашим критериям фильтра. Вы можете получить списки генов с дифференциальной экспрессией, на которые конкретно влияет биологическое состояние или которые связаны с ним, и сравнить все гены с дифференциальной экспрессией во всех состояниях. Кроме того, вы можете оценить воспроизводимость этих дифференциально экспрессируемых генов в разных условиях с помощью коэффициента воспроизводимости. Кроме того, вы можете просмотреть со всеми дифференциально экспрессируемыми генами сводку важных путей и клеточных процессов, а также генную корреляцию дифференциально экспрессируемых генов. Загрузить файл Пример метаанализа Фон: В этом примере показано, как мы можем проанализировать набор данных, загрузив файл матрицы, содержащий проанализированные данные. Входные характеристики: Эта матрица представляет собой матрицу, содержащую проанализированные данные. 1. Пользователь выбирает тип анализа, чтобы начать анализ: Доступны следующие типы анализа: 1. Средние значения интенсивности, NA Intensity= Этот тип анализа fb6ded4ff2
Related links: